بسیاری از روش های استخراج رایج برای طب چینی وجود دارد. استخراج طب چینی با اجزای شیمیایی مختلف باید روش مناسب را انتخاب کند. روش های رایج استخراج عبارتند از: استخراج آب، استخراج با حلال آلی، استخراج با حلال آلی اسیدی یا قلیایی، تقطیر با بخار، هیدرولیز آنزیمی یا مهار هیدرولیز آنزیمی، تصفیه شیمیایی، استخراج تصعید، استخراج فوق بحرانی، استخراج اولتراسونیک، استخراج به کمک مایکروویو.
بیشتر استخراج طب چینی از فرآیندهای استخراج مانند استخراج بهم زدن یا استخراج دینامیک گردش پمپ استفاده می کند، زیرا هم زدن و استخراج با حلال مایع می تواند اثر استخراج و سرعت استخراج را بهبود بخشد. به دلیل افزایش اختلاف غلظت و فشار در انتهای داخلی مویرگ ماده دارویی بیشتر از فشار انتهای بیرونی، عصاره داخل ماده دارویی به طور مداوم از طریق مویرگ به حلال جریان می یابد.